Wegen der Umfangreichen Änderungen an den Basisklassen für Agenten ist die neue MASA-Implementierung nicht voll kompatibel zur alten Version. Agenten, die für die alte MASA-Version erstellt wurden können nicht unmittelbar auf der Version ausgeführt werden.
Die Portierung auf die neue MASA-Version erfordert in der Regel aber nur einige kleine Änderungen an den Quelltexten. Außerdem sollte die neue Produktionsumgebung verwendet werden, mit der die Erstellung von signierten JAR-Dateien unterstützt wird.
Außerdem können Agentensysteme, die auf der neuen MASA-Implementierung beruhen nicht mit alten Agentensystemen in einem SmA kooperieren, da die alten Agentensysteme keine Kanalsicherung besitzten, und diese zwingend erforderlich ist.