References müssen als MO-Attribute bei der Definition der Managed-Object-Klasse angegeben werden. Wird das Objektmodell später erweitert, können ohne Veränderung der Managed-Object-Klasse keine References mehr hinzugefügt werden.
Alternativ zu References können Associations eingesetzt werden. JMAPI Associations stellen, ebenso wie References, unidirektionale Verknüpfungen zwischen Managed Objects her. Im Gegensatz zu References erlauben Associations die Verknüpfung von MO-Klassen auch in den Fällen, in denen dies nicht bereits bei der Definition der MO-Klassen durch Anlegen entsprechender Reference-Attribute vorgesehen war. Sie bieten demnach eine größere Flexibilität im Hinblick auf Erweiterungen des Objektmodells.
Ein weiterer Unterschied zwischen Associations und References besteht hinsichtlich der Semantik beim Löschen eines der beteiligten Managed Objects. Soll ein Managed Object gelöscht werden, auf das von Seiten eines anderen Managed Objects mittels einer Reference verwiesen wird, so wird das Löschen vom System nicht gestattet, um die referentielle Integrität nicht zu verletzen. Das Löschen eines der beiden an einer Association beteiligten Managed Objects ist hingegen immer möglich und zieht das Löschen der Association nach sich. References können z.B. zur Modellierung von Abhängigkeiten genutzt werden. Hängt beispielsweise ein MO A von der Existenz eines anderen MOs B ab, so sollte es nicht möglich sein, B zu löschen ohne vorher auch A gelöscht zu haben. Wird diese Abhängigkeit mittels einer Reference von A nach B modelliert, so wird dies durch die Überwachung der referentiellen Integrität automatisch gewährleistet. Im Vergleich zu References kann durch Associations eine ,,lose Kopplung`` der beiden beteiligten Managed Objects modelliert werden, bei der z. B. jederzeit eines der beiden MOs gelöscht werden kann.
In [JMA97] werden Associations und References etwas anders modelliert als im Meta Schema von CIM. CIM sieht References lediglich innerhalb von Associations vor, während JMAPI References als Bestandteile von Managed Objects kennt. Ferner sind bei JMAPI nur binäre Associations möglich, während CIM es auch ermöglicht, mehr als zwei Objekte über Associations zu verknüpfen. Es ist zu vermuten, daß mit der Angleichung der JMAPI MO-Basisklassen an den neuen CIM-Standard dieser Unterschied verschwinden wird und es keine References als Attribute von MOs mehr geben wird.